В 1946 году он основал компанию под названием «Институт технических исследований Хонда» (Honda Technical Research Institute), а в 1947 году началось производство первого продукта компании — 2-тактного двигателя A-type объёмом 50 куб. см. Через год, в 1948-м, компания была перерегистрирована,  названа в соответствии с духом времени — Honda Motor Company — и приступила к разработке и производству мотоциклов. Первый мотоцикл компании, получивший название Dream («мечта») и оснащённый двигателем объёмом 98 куб.см, был выпущен в 1949 году.
Тогда же в компанию пришёл работать Такэо Фудзисава — человек, по праву считающийся вторым отцом-основателем компании. Между ним и Хондой существовало разделение обязанностей — Хонда занимался технологиями производства, Фуджисава — корпоративным управлением и продажами.
Honda Dream Type D - первый опыт Honda в строительстве мотоциклов.
В 1950 году открылся филиал компании в Токио; там же была куплена швейная фабрика и переделана в завод по выпуску мотоциклов, где началось производство мотоцикла Dream Type D, который в 1951 году был заменён на Dream Type E — новую разработку, развивавшую максимальную скорость в 70 км/ч.
В 1952 году головной офис Honda переместился в Токио, в провинции Сайтама открылся завод Shirako, появился новый двигатель Cub Type F объёмом 50 куб.см и мощностью 1,2 л.с.
1953 год — открылись ещё два завода, организовался профсоюз, и была введена система принятия предложений рабочих, началось производство Benly J-type. В следующем, 1954 году акции Honda Motor начинают продаваться на токийской бирже, стартует продажа скутера Juno K-type и его экспорт в США, и благодаря технологическому прорыву Honda получает возможность участвовать в мотоспорте — её команда принимает участие в международной мотогонке Sao Paulo в Бразилии и Isle of Man TT в Великобритании. Соитиро Хонда едет с ознакомительным визитом на Isle of Man и знакомится с европейской автомобильной промышленностью.
В 1955 году компания стала лидером по выпуску мотоциклов в Японии, уничтожив огромное количество конкурентов; Honda приняла участие в первой японской гонке Motorcycle Endurance Road Race и выиграла в классах 350 и 500 куб.см, получив к тому же приз за конструкцию. Были выпущены новые модели — Benly JB, Dream SA, Dream SB-type. В 1956 году были разработаны корпоративные принципы, которых компания придерживается до сих пор. Открылся сервисный отдел, и была введена в действие годовая гарантия на продукцию. В 1957 на заводе Shirako открылся центр исследований и разработок, акции Honda Motor попали в первую часть списка на токийской бирже. Команда Honda заняла первое место в гонке гонке Mt. Asama Race в классе 350 куб. см.
Дальнейшие победы Honda в гонках мотоциклов так многочисленны, что их не имеет смысла перечислять. В 1958 году вышла модель Super Cub, а в 1959 Honda по производству мотоциклов стала крупнейшей компанией в мире. Кроме этого, в 1959 году была учреждена компания American Honda Motor в США.
Одна из массовых моделей — Honda Super Club.